城市更新与旧城（城中村）改造的关系，总体上属于包含与被包含的关系。

《城市更新办法》第二条就明确规定“本办法所称城市更新，是指由符合本办法规定的主体对特定城市建成区（包括旧工业区、旧商业区、旧住宅区、城中村及旧屋村等）内具有以下情形之一的区域，根据城市规划和本办法规定程序进行综合整治、功能改变或者拆除重建的活动：……”，这主要因为，开展旧城改造活动的时间比较早，对城市改造的经验比较多，正因如此，现行城市更新中的很多理念与做法都借鉴、承继、来源于旧城改造：如在改造目标或条件方面，都强调消除重大安全隐患、完善市政基础设施和公共服务设施、改善周边生态环境等；在优惠政策方面都强调收取地价的优惠（如《城市更新办法》第三十八条对于工业区升级改造项目的地价优惠方面，强调“市政府关于宝安龙岗两区旧城旧村改造项目的处理意见已有规定的，从其规定”）；在改造原则方面也都强调鼓励市场参与及规划与计划的编制与审批；在改造模式方面都有综合整治和拆除重建的模式；因此，可以说旧城（城中村）改造是现行城市更新的初级（认识）状态，是城市更新的雏形；

《城市更新实施细则》中亦提到上述两者实施主体之间的衔接关系，该细则第六十九条“《城市更新办法》实施前，区政府已对原城中村和工业区升级改造项目核发各类项目改造主体（含实施主体、改造单位等，下同）核准文件，确定由相关单位实施改造项目的，区城市更新主管部门应当按照本细则规定的条件，对原项目改造主体的资格进行重新核查。符合本细则规定条件的，对其实施主体资格进行确认；不符合本细则规定条件的，应当函告原项目改造主体，要求其在两年内完善相关手续”。

城市更新与危房改造的关系，总体上应为并列关系。《城市更新办法》第四十一条明确“被依法鉴定为危房、需要拆除重建的单栋建筑，依据城市危房管理的有关规定执行，不需要纳入城市更新年度计划，不专门制定城市更新单元规划。”，且在深圳市多次的城市更新会议中都提到，在进一步优化城市更新单元划定原则和标准的基础上，科学区分城市更新与拆旧建新，并将拆旧建新的内涵进一步明确为“危房改造”。

需要说明的是，若政府统一组织对危房集中、基础设施落后的区域进行城市更新，此情形下，危房改造活动会被拆除重建类城市更新活动所覆盖，但两者之间并无实质冲突。